Le programme CIT est financé, essentiellement par les Comités départementaux de la Ligue avec depuis 2003 une participation du Ministère de la Recherche (via l’INCa depuis 2005) pour l’achat des puces à ADN commerciales Affymetrix (pour l’étude du transcriptome) ou la production des puces CGH-CIT (pour l’étude de la structure du génome).
En 2007, les dépenses du programme CIT financées par la Ligue se sont élevées à 2 182 643 euros. Les Comités départementaux ont contribué à hauteur de 1 732 831 euros. La différence entre les dépenses et les ressources apportées en 2007 a été couverte par une reprise de 449 814 euros sur le fonds CIT.
